Midi-Pyrénées offre une grande richesse de milieux, et un grand nombre de plantes endémiques. Plus de 3 000 espèces sont présentes dans la chaîne des Pyrénées. Le parc National des Pyrénées peut se vanter de présenter la flore la plus originale d’Europe.
Parmi les espèces endémiques, on peut citer le lis des Pyrénées ; il fleurit en juin et juillet entre 800 et 2 300 mètres d’altitude.
L’iris des Pyrénées se fait admirer en juillet et en août. De nombreuses espèces sont protégées, comme l’aster des Pyrénées, la germandrée des Pyrénées, l’aconit des Pyrénées ou encore l’ancolie des Pyrénées.
Depuis 2005, c’est toute la région qui est dotée d’une liste d’espèces protégées ; la cueillette, l’enlèvement et la destruction de 151 plantes sont interdits.
En Aveyron, les orchidées sont abondantes. Une soixantaine d’espèces y sont répertoriées, sur la centaine recensée en France.
En mai, les narcisses envahissent les prairies de l’Aubrac. Des formules découverte ou randonnée sont organisées autour de ce patrimoine naturel. Le Parc naturel régional des Causses du Quercy propose de découvrir en famille, dans le Lot, le narcisse des poètes ou le pistachier térébenthine.
La région toulousaine abrite plusieurs espèces remarquables ; dans les prairies, on peut admirer la jacinthe de Rome. Cette espèce est protégée au niveau national.
Dans la région de Léguevin, on peut observer une orchidée très rare, l’Orchis lactea.