Le groupe de Coordination (GC) est formé par deux ou trois représentants désignés par chacune des Communautés Autonomes (CCAA) et des Régions partenaires, couvrant ainsi les deux niveaux politique et technique. Ses fonctions sont de préparer la rencontre des Présidents ; d’obtenir la concertation de politiques entre les régions partenaires et d’impulser les projets spécifiques en prévoyant les moyens de réalisation ; d’impulser l’action en tant que groupe d’intérêt auprês des institutions européennes avec le support de la Coordination Européenne, et de présenter aux Présidents le rapport Annuel de Progrès, ainsi que les Directives Annuelles d’Action. Le GC décide sur la base du consensus entre les CCAA et les Régions. Il travaille en utilisant les technologies télématiques et il se réunit plusieurs fois par an.
Le Secrétariat de l’Eurorégion impulse la dynamisation et le suivi des politiques concertées et des projets communs en collaboration avec les services des cinq régions partenaires. Il coordonne les actions de communication de l’Eurorégion. Il est constitué d’un Secrétaire technique depuis juin 2005.